Le cause dell'improvvisa decadenza di Creta sono rimaste a lungo oscure, ma nel 1956 il sismologo greco ANGELOS GALANOPOULOS trovò nell'Isola di Santorini, sul fondo di una miniera, resti umani e frammenti di legno bruciato, coperti da 30 metri di cenere vulcanica; i resti risalivano al XV secolo a.C. Dieci anni dopo, l'archeologo SPIROS MARINATOS scoprì nella stessa isola l'antica città minoica di Akrotiri, sepolta sotto decine di metri di ceneri vulcaniche e pomici. Da allora geologi e archeologi hanno lavorato insieme per riportare alla luce la tragica sorte delle città minoiche. L'antica Isola di Santorini era un vulcano esplosivo ed entrò in attività verso il 1500 a.C. L'esplosione con cui si risvegliò fu pari a quella di centinaia di bombe all'idrogeno e lanciò in aria oltre 30 milioni di m3 di materiali, che, ricadendo, formarono una coltre di ceneri e di pomici alta 30 metri. Le ceneri si deposero su una superficie di 200.000 km2, soprattutto verso SE, spinte dai venti, e raggiunsero l'Egitto (sono state ritrovate in sondaggi sul fondo del mare, coperte da altri sedimenti). Gli effetti del maremoto che seguì l'esplosione si risentirono in tutto il Mediterraneo orientale: onde alte qualche decina di metri e con velocità di trecento chilometri all'ora si abbatterono su Creta, a oltre 100 km di distanza e dopo tre ore sommersero il delta del Nilo, mentre verso Nord raggiunsero le coste meridionali della Grecia.
Da E.L. Palmieri e M. Parotto, Il globo terrestre e la sua evoluzione, Zanichelli.

Le città di Santorini rimasero sepolte sotto decine di metri di pomici e ceneri; quelle di Creta, con palazzi a più piani e raffinate decorazioni, furono gravemente danneggiate o distrutte e non riuscirono più a tornare all'antico splendore. La memoria di quell'antica catastrofe non è andata, però, completamente perduta. Sono molti gli studiosi che vedono proprio in quell'evento, che ha distrutto una civiltà in pieno rigoglio, l'origine del mito di Atlantide, riportato da Platone. La vita del vulcano è continuata. All'interno della caldera è ripresa l'attività con la formazione, già nel 196 a.C., di un cono vulcanico che emerse dal mare, e con varie altre eruzioni che si sono susseguite nel tempo, formando pian piano alcune isole (le Kaimenes, "terre bruciate"). La più recente di queste isole, Nea Kaimeni, è un vulcano nato nel 1707 quasi al centro della caldera ed è stato ripetutamente attivo, con eruzioni e attività sismica: oggi la zona del suo cratere è costellata da fumarole caldissime. Un vulcano che ha distrutto una civiltà, ne ha conservato, però, alcune preziose tracce: dopo 3500 anni, dalla coltre di ceneri riemergono, su dipinti murali rimasti intatti, figure e immagini "della più nobile razza di uomini che mai sia vissuta; una razza di cui tu e tutta la tua città - così, secondo Platone, raccontarono i sacerdoti egiziani a Solone - non siete che un seme."